藻類、菌類和地衣類均為低等植物。在形態上無根、莖、葉的分化，是單細胞或多細胞的葉狀體或菌絲體，可以分枝或不分枝。在構造上一般無組織分化，無中柱和胚胎。
第一節 藻類（Algae）
藻類植物含有各種不同的色素，能進行光合作用，生活方式為自養。不同的藻類因含特殊的色素，使藻體顯不同的顏色。各種藻類的光合作用產物及貯藏養分不同。藻類常含多聚糖、糖醇、糖醛酸、氨基酸及其衍生物、膽堿、蛋白質、甾醇以及碘、鉀、鈣、鐵等無機元素。
與藥用關系密切的藻類主要在褐藻門、紅藻門，少數在綠藻門。
綠藻多數生活在淡水中，極少數在海水中。植物體藍綠色；貯存的養分主要是淀粉，其次是油類。藥用的綠藻有石莼及孔石莼等。
紅藻絕大多數生長在海水中。多數種類呈紅色至紫色。貯存的養分通常為紅藻淀粉，有的為可溶性紅藻糖。藥用的紅藻有鷓鴣菜、海人草等。
褐藻是藻類中比較高級的一大類群，絕大多數生活在海水中。植物體常呈褐色。貯存的養分主要是可溶性的褐藻淀粉、甘露醇和褐藻膠，細胞中常含碘，如海帶中含碘量高達0．34％。多以藻體入藥，如海藻、昆布等。
第二節  菌類（Fungi）
菌類一般不含有光合作用的色素，不能進行光合作用，營養方式為異養。與藥用關系密切的是細菌門和真菌門。
細菌是單細胞植物，無真正的核，大多數不含葉綠素，細胞壁主要由蛋白質、類脂質和多糖復合物組成，一般不具纖維素壁。其中放線菌是抗生素的主要產生苗，迄今已知的抗生素中，有2／3是由放線菌產生的，如氯霉素、鏈霉素、金霉素、土霉素、四環系等。
真菌不同于細菌的是：真菌都有細胞核，細胞壁大多具有幾丁質成分，少數含有纖維素。真菌的營養體除少數原始種類是單細胞外．一般都是由多數分枝或不分枝，分隔或不分隔的菌絲交織在一起，組成菌絲體。儲藏的營養物質是肝糖、油脂和菌蛋白，而不含淀粉。
中藥藥用以真菌門為主，真菌類中藥以子囊菌綱和擔子菌綱為最多。
子囊菌的主要特征是在特殊的子囊中形成于囊抱子，如冬蟲夏草、蟬花、竹黃等藥用菌。
擔子苗的主要特征是不形成子囊，而依靠擔子形成擔孢子來繁殖，藥用的部分主要是子實體（如馬勃、靈芝等）和菌核（如豬苓、茯苓、雷丸等）。
菌類常含多糖、氨基酸、生物堿、蛋白質、蛋白酶、甾醇和抗菌素等成分。其中多糖類加靈芝多糖、茯苓多糖、豬苓多糖、銀耳多糖、云芝多糖等有增強免疫及抗腫瘤作用。
菌類中藥常見的名詞術語有：
1．菌絲  組成真菌的每一根細絲或一個分枝叫菌絲。
2. 菌絲體  組成一個真菌菌體的菌絲總稱菌絲體。
3. 疏絲組織  組成菌絲體的菌絲為長形細胞，且菌絲或多或少相互平行排列，這種菌絲組織稱為疏絲組織。
4.擬薄壁細織  組成菌絲體的菌絲細胞為橢圓形或近圓形，或近于多角形，這種菌絲組織稱為擬薄壁組織。
5.菌核  由疏絲組織和擬薄壁組織組成的堅硬團塊，為抵抗外界不良環境的休眠體，當條件良好時能萌發產生子實體，如茯苓。
6.子實體  真菌（多是高等真菌）經過有性過程，形成能產生抱子的結構，稱子實體。如靈芝。
7.子座  是容納子實體的菌絲褥座。子座形成后，常在其上或其內產生于實體

第三節 地衣類（Lichenes）
地衣是藻類和真菌共生的復合體。具有獨特的形態、結構、生理和遺傳等生物學特性。地衣中共生的真菌絕大多數為子囊菌，少數為擔子菌；藻類是藍藻及綠藻。它們的形態分為殼狀、葉狀或枝狀。構造也不相同。枝狀地衣內部構造呈輻射狀，具有致密的外皮層、薄的藻孢層及中軸型的髓，如松蘿科的地衣。
地衣具特有的地衣酸、地衣色素、地衣多糖、蒽醌類、地衣淀粉。最特殊的是地衣酸類，有的只存在于地衣體中。大約有50％的地衣類含有抗菌活性物質，如抗菌消炎的松蘿酸。常用的地衣類中藥如松蘿。