種子類中藥的藥用部位大多是完整的成熟種子，包括種皮和種仁兩部分，種仁又包括胚乳和胚；也有不少是用種子的一部分，有的用種皮，如綠豆衣；有的用假種皮，如肉豆蔻衣、龍眼肉；有的用除去種皮的種仁，如肉豆蔻；有的用去掉子葉的胚，如蓮子芯；有的則用發(fā)了芽的種子，如大豆黃卷。極少數(shù)為發(fā)酵加工品，如淡豆豉。
一、性狀鑒別
主要應(yīng)注意種子的形狀、大小、顏色、表面紋理、種臍、合點和種脊的位置及形態(tài)、質(zhì)地，縱橫剖面以及氣味等。
形狀大多呈圓球形、類圓球形或扁圓球形等，少數(shù)種子呈線形、紡錘形或心形。種皮的表面常有各種紋理，如蓖麻子帶有色澤鮮艷的花紋；也有的具茸毛，如馬錢子。表面除常有的種臍、合點和種脊外，少數(shù)種子有種阜存在，如蓖麻子、巴豆等。剝?nèi)シN皮可見種仁部分，有的種子具有發(fā)達的胚乳，如馬錢子；無胚乳的種子，則子葉常特別肥厚，如苦杏仁。胚大多直立，少數(shù)彎曲，如王不留行、青葙子等。有的種子水浸后種皮顯黏液，如葶藶子；有的種子水浸后種皮呈龜裂狀，如牽牛子。
二、顯微鑒別
種子主要包括種皮、胚乳和胚三部分。種子類中藥的顯微鑒別特征主要在種皮，因為種皮的構(gòu)造因植物的種類而異，最富有鑒別意義。
1.種皮  種子通常只有一層種皮，但有的種子有兩層種皮，即有內(nèi)外種皮的區(qū)分。種皮常由下列一種或數(shù)種組織組成：
（1）表皮層  多數(shù)種子的種皮表皮細胞由1列薄壁細胞組成。有的表皮細胞充滿黏液質(zhì)，如白芥子；有的表皮細胞種含有色素，如青葙子；有的部分表皮細胞形成非腺毛，如牽牛子；有的表皮細胞成為狹長的柵狀細胞，其細胞壁常有不同程度的木化增厚，如青葙子；有的表皮細胞中單獨或成群地散列著石細胞，如苦杏仁、桃仁；也有表皮層全由石細胞組成，如天仙子。
（2）柵狀細胞層  有些種子的表皮下方，有柵狀細胞層，由1列或2~3列狹長的細胞排列而成，壁多木化增厚，如決明子；有的內(nèi)壁和側(cè)壁增厚，而外壁壁薄，如白芥子。在柵狀細胞的外緣處，有時可見一條折光率較強的光輝帶，如牽牛子、菟絲子。
（3）色素層  具有顏色的種子除表皮層可含色素物質(zhì)外，內(nèi)層細胞或者內(nèi)種皮細胞也可含色素物質(zhì)，如白豆蔻等。
（4）油細胞層  有的種子的表皮層下有油細胞層，內(nèi)貯揮發(fā)油，如白豆蔻、砂仁等。
（5）石細胞  除種子的表皮有時為石細胞外，也有表皮的內(nèi)層幾乎全為石細胞組成，如瓜蔞仁；或內(nèi)種皮為石細胞層，如白豆蔻。
（6）營養(yǎng)層  多數(shù)種子的種皮中，常有數(shù)列貯有淀粉粒的薄壁細胞，為營養(yǎng)層。在種子發(fā)育過程中，淀粉已被消耗，故成熟的種子營養(yǎng)層往往成為扁縮頹廢的薄層，有的營養(yǎng)層中尚包括一層含糊粉粒的細胞。
2.胚乳  通常由貯藏大量脂肪油和糊粉粒的薄壁細胞組成，有時細胞中含淀粉粒。大多數(shù)種子具內(nèi)胚乳，在無胚乳的種子中，也可見到1~2列殘存的內(nèi)胚乳細胞。胚乳細胞的細胞壁大多為纖維素，也有為半纖維素的增厚壁，其上具有明顯微細的紋孔；胚乳細胞中有時含有草酸鈣結(jié)晶；有時糊粉粒中也有小簇晶存在，如茴香。少數(shù)種子有發(fā)達的外胚乳，或外胚乳成頹廢組織而殘留。也有少數(shù)種子的種皮和外胚乳的折合層不規(guī)則地伸入內(nèi)胚乳中，形成錯入組織，如檳榔；也有的僅為外胚乳伸入內(nèi)胚乳中而形成的錯入組織，如肉豆蔻。
3.胚  胚是種子中未發(fā)育的幼體，包括胚根、胚莖、胚芽及子葉四部分。子葉的構(gòu)造與葉大致相似，其表皮下方常可看到明顯的柵嵐組織。胚的其他部分一般亦全有薄壁細胞組成。
在植物器官中只有種子含有糊粉粒。糊粉粒的形狀、大小及構(gòu)造常依植物種類而異，在中藥鑒定中有中藥意義。糊粉粒是種子中貯藏的顆粒狀蛋白質(zhì)。