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（一）審計檔案的作用和分類
審計檔案的作用主要有以下方面：
1、為審計結束后進行查考提供依據。
2、為審計工作規范化積累資料。
3、為下一次審計工作提供情況。
1、  為審計理論研究提供素材。
審計檔案按其使用期限的長短和作用的大小可以分為永久性檔案和當期檔案。
（二）審計檔案的整理和歸檔
審計工作結束以后，審計人員要對審計過程所獲取或形成的資料進行分類整理并歸檔。
對于國家審計機關而言，審計檔案資料分類整理完畢后，應將審計檔案送交檔案部門統一管理，歸檔時應辦理必要的歸檔手續。一般的審計檔案由審計機關自行保管，重要的審計案件的檔案應送交國家檔案部門保管，但審計機關應復制副本，由審計機關保存。
對于社會審計組織而言，審計檔案的所有權屬于承接該項業務的會計師事務所。會計師事務所應建立審計檔案保管制度，以確保審計檔案的安全、完整。其中，當期檔案自審計報告簽發之日起至少保存十年；永久檔案應長期保存；不再繼續審計的被審計單位，永久性檔案的保管期限與最近一年當期檔案的保管期限相同。對于保管年限屆滿的審計檔案，會計師事務所可以決定將其銷毀。銷毀時，應當按照規定履行必要的手續。
（三）審計檔案的保管與查閱
審計機構及有關部門除了應當妥善保管審計檔案，還應建立審計檔案的保密制度，對審計檔案中涉及的商業秘密保密。
對于國家審計機關所保存的審計檔案一般不宜向外公開，在一定期限內審計檔案僅供審計機關人員調閱。有關方面調閱審計檔案，要經過審批，并做好借閱記錄。
對于社會審計而言，會計師事務所只有在一些特殊情況下允許查閱審計檔案，而不屬于泄密。查閱者因誤用審計工作底稿而造成的后果，與擁有審計工作底稿的會計師事務所無關。