莖木類中藥包括藥用木本植物的莖或僅用其木材部分，以及少數草本植物的莖藤，實際上應屬于兩類，即：莖類中藥和木類中藥。
莖類中藥  藥用部位包括莖藤、莖枝、莖刺、莖的髓部等。藥用莖藤的，如關木通、大血藤、青風藤等；藥用莖枝的，如桂枝、桑技、桑寄生、槲寄生、鉤藤等；藥用莖刺的，如皂角刺或其翅狀附屬物，如鬼箭羽；藥用莖的髓部的，如燈心草、通草等。藥用草本植物的莖，則列入全草類中藥，如麻黃、石斛等。
木類中藥  藥用部位主要采用木本植物莖的形成層以內的各部分，通稱為木材。一般木材可分為邊材和心材兩部分。邊材含水分較多，顏色較淺，心材由于蓄積了較多的揮發油和樹脂類物質，顏色較深，質地亦較致密而重。木類中藥大多采用心材部分。
一、性狀鑒別
一般應注意其形狀、大小、粗細、表面、顏色、質地、折斷面及氣味等，帶有葉的莖枝，還應觀察葉的特征。
莖類中藥的形狀以圓柱形較多，也有扁圓柱形的。木質藤本多扭曲不直，大小粗細不一，表面粗糙；為除去木栓層的莖藤尚可見深淺不乙的縱橫裂紋或栓皮剝落后的痕跡；皮孔大多可見。大多為棕黃色，少數顯特殊的顏色，如雞血藤為紅紫色；質地堅硬，端面常可見年輪，木質部占大部分，有放射狀的射線與木質部想見排列，習稱“車輪紋”、“菊花心”等，常可見導管小孔；中央有較小的髓部。草質莖一般為細長圓柱形、方形，表面多溝紋，具有粗細不等的棱線；質脆，易折斷斷面可見明顯的髓部，有時常成空洞狀，如忍冬藤。氣味常可幫助鑒別莖木類重要，如海風藤味苦，有辛辣感，青風藤味苦而無辛辣味可以區別；木類中藥如降香、沉香等則有香氣。

二、顯微鑒別
一般應作橫切片、縱切片及解離組織進行觀察。
1．莖類中藥的組織構造
莖的組織構造一般應注意如下各部分的特征：
（1）周皮或表皮  注意觀察木栓細胞的形狀、層數、增厚情況等（詳見皮類中藥），幼嫩木質莖和草質莖的周皮尚不發達，常可見表皮組織。
（2）皮層  注意觀察其存在與否及在橫切面所占比例，次生構造的木栓形成層如發在皮層以內，則皮層就不存在，而由栓內層（次生皮層）所 代替；初生構造的皮層有時有厚角組織或厚壁組織。觀察細胞的形態及內含物等。
（3）韌皮部  由篩管、韌皮射線和韌皮薄壁組織組成，注意觀察各種細胞的形態及列情況，有無厚壁組織、分泌組織等。韌皮部外方常有初生韌皮纖維束，或從韌皮部隊發生的纖維，稱周纖維或環管纖維，過去曾稱中柱鞘纖維。
（4）形成層  一般都成環狀，注意是否明顯。
（5）木質部  觀察導管、木薄壁細胞、木纖維及木射線細胞的形狀和排列情況。木質藤本的導管孔徑較大。
（6）髓部  大多為薄壁細胞構成，多具明顯的細胞間隙，細胞壁有時可見圓形單紋孔，有的髓周具厚壁細胞，散在或形成環髓纖維成環髓石細胞。草質莖髓部較發達，木質莖髓部較小。
莖類中藥鑒別除應注意以上各類組織的排列，各種細胞的分布，特別石細胞和纖維外，還應注意細胞內含物如草酸鈣結晶、碳酸鈣結晶和淀粉粒的有無以及它們的形狀等。對于存在于不同部位的厚壁組織，可通過解離組織仔細觀察它們的形狀，細胞壁的厚度，有無壁孔和分隔以及木化程度等。
 雙子葉植物木質藤莖，木栓層較厚，有的有明顯的韌皮層；導管孔較大。維管束有的具異常構造，如雞血藤的韌皮部和木質部層狀排列成數輪，海風藤的髓部具數個維管束，絡石藤有內生韌皮部，有的具內函韌皮部。在縱向切面尚可見到射線的寬度與高度。這些在鑒定上都具有重要意義。
2．木類中藥的組織構造
在觀察時，應分別作三個方向的切面，即橫切面、徑向縱切面與切向縱切面。注意觀察各切面組織的特征：
（1）導管  分子的形狀、寬度及長度、導管壁上紋孔的類型。此外還應注意導管中有無侵填體及侵填體的形狀和顏色。
松柏科植物的木材沒有導管，而為管胞。管胞兩端較狹細，無明顯末梢壁（纖維狀管胞），即使有斜形末梢壁但無穿孔而只有紋孔（導管狀管胞），且紋孔的膜是完整的。管胞側壁上的紋孔是具緣紋孔。
（2）木纖維  占木材的大部分。通常為單個狹長的厚壁細胞，細胞腔狹小，壁厚有斜裂隙狀的單紋孔；少數細胞腔較寬。有些細胞腔中具有中隔，稱為分隔纖維
（3）木薄壁細胞  細胞壁有時增厚或有單紋孔，大多木質化。有時內含淀粉粒或草酸鈣結晶。
（4）木射線  細胞形狀與木薄壁細胞相似，但切面上的位置和排列形式不同，射線細胞的長軸通常是半徑向的，和導管及纖維的長軸相垂直。不同的切面，射線表現形式不一。根切面所見射線社從中心向四周的輻射狀線條，顯示射線的寬度和長度；切向切面所見射線的輪廓呈紡錘形，顯示射線的高度和寬度，如果全部射線細胞都是一樣的稱為同型射線，倘若細胞形狀不同的，則為異形射線；切向切面所見射線是多列長形細胞，從中部向外周橫疊著，顯示射線的高度和長度。觀察時應注意細胞的形狀、紋孔和內含物的種類，射線細胞中亦常含有淀粉粒或草酸鈣結晶，細胞壁亦常增厚