地球上生存的動物已達一百五十萬種以上。為了能正確地區(qū)別和更好地利用它們，必須對其進行科學(xué)的分類。動物學(xué)的分類系統(tǒng)通常是以動物形態(tài)上或解剖上的相似程度為依據(jù)的。和植物界一樣，動物界也劃分為若干個等級，如門、綱、目、科、屬、種，而以種為分類的基本單位。現(xiàn)在動物還沒有一個比較完善的分類系統(tǒng)，有的將它們分為33門，有的分為30門或28門。其中與藥用動物有關(guān)的有10門，它們是（由低等到高等）：
原生動物門（Protozoa）；
多孔動物門（Porifera）又稱海綿動物門（Spongia），藥用動物如脆針海綿等；
腔腸動物門（Coelenterata）藥用動物如海蜇、珊瑚等；
扁形動物門（Platyhelminthes）；
線形動物門（Nemathelminthes）；
環(huán)節(jié)動物門（Annelida）藥用動物如蚯蚓、蜈蚣、東亞鉗蝎、南方大斑蝥、中華蜜蜂等；
軟體動物門（Mollusca）藥用動物如雜色鮑、馬氏珍珠貝、三角帆蚌、長牡蠣、無針烏賊等；
節(jié)肢動物門（Arthropoda）藥用動物如東亞鉗蝎、少棘巨蜈蚣、地鱉、大刀螂、黑蚱、南方大斑蝥、家蠶、中華蜜蜂等；
棘皮動物門（Echinodermata）藥用動物如海參、海膽等；
脊索動物門（Chordata）藥用動物如海馬、蟾蜍、烏梢蛇、黑熊、梅花鹿、林麝、牛、賽加羚羊等?
中藥中藥用種類較多的動物門有脊索動物門、節(jié)肢動物門和軟體動物門，其次是環(huán)節(jié)動物門和棘皮動物門。
動物的命名大多數(shù)也和植物命名一樣采用林奈首創(chuàng)的雙名法。由兩個拉丁字或拉丁化的文字，分別表示動物學(xué)名的屬名和種名，在學(xué)名后附加定名人的姓氏，如意大利蜂Apis mellifera Linn．。
動物與植物命名不同之處，在于種內(nèi)如有亞種時則采用三名法，亞種緊接在種名的后面，如中華大蟾蜍Bufo bufo gargarizans Cantor；如有亞屬，則亞屬名在屬名和種名之間，并外加括號，如烏龜Chinemys（Geoclemys）reevesii（Gray）；若屬名改變，則在定名人氏外加括號，如馬氏珍珠貝Pteria martensii（Dunker）。一般不用變種、變型。
拉丁學(xué)名中的屬名、亞屬名及命名人的第一個拉丁字母必須大寫，其余均小寫。