中藥鑒定常用的方法有：來源（原植物、原動物和礦物）鑒定、性狀鑒定、顯微鑒定及理化鑒定等方法。各種方法有其特點和適用對象，有時還需要幾種方法配合進行工作，這要根據檢品的具體條件和要求靈活掌握。
一、來源（原植物、原動物和礦物）和品種鑒定
應用植（動）物的分類學知識，對中藥的來源進行鑒定，確定其正確的學名；應用礦物學的基本知識，確定礦物中藥的來源。以保證在應用中品種準確無誤。來源鑒定的內容包括：原植（動）物的科名、學名，藥用部位；礦物藥的類、族、礦石名或巖石名。原植物鑒定的步驟如下：
1．觀察植物形態  應注意檢品的根、莖、葉、花和果實等部位的觀察，其中對繁殖器官（花、果或孢子囊、子實體等）尤應仔細觀察。在實際工作中經常遇到的檢品是不完整的，一般都要追究其原植物，包括深入到產地調查，采集完整植物，進行對照鑒定。
2．核對文獻  根據已觀察到的形態特征和檢品的產地、別名、效用等線索，可查閱全國性或地方性的中草藥書籍和圖鑒，加以分析對照。在核對文獻時，首先應查考植物分類學著作，如《中國植物志》、《中國高等植物圖鑒》等，其次再查閱具有中藥品種方面的著作，如《中藥志》、《中藥材品種論述》、《中藥鑒別手冊》等。必要時，還須進一步查對原始文獻，以便正確鑒定。
3．核對標本  當知道未知種是什么科屬時，可以到標本室核對已定學名的該科屬標本，或根據文獻核對正確可靠的已定學名的某種標本。如有條件，能與模式標本（發表新種時所被描述的植物標本）核對，這對正確鑒定更為有利。對一些難以定名的標本，可寄請專家或植物分類研究單位協助鑒定。
二、性狀鑒定
就是用眼觀、手摸、鼻聞、口嘗、水試、火試等方法來鑒別藥材的外觀性狀，這些方法在我國醫藥學寶庫中積累了豐富的傳統鑒別，它具有簡單、易行、迅速的特點。性狀鑒定與來源鑒定一樣，除仔細觀察樣品外，有時亦需核對藥材標本和文獻。性狀鑒定是中藥鑒定工作者必備的基本功之一。性狀鑒定的內容，一般包括以下方面：
1．形狀  是指干燥藥材的形態。藥材的形態與藥用部位有關，每種藥材的形狀一般比較固定，老藥工有許多描述形狀特征的鑒別術語，如防風的“蚯蚓頭”、海馬的“馬頭蛇尾瓦楞身”，形象而生動，易懂易記。觀察形狀時一般不需預處理，如觀察很皺縮的全草，葉或花類，可先浸濕使軟，展平。觀察某些果實、種子時，如有必要可浸軟后，取下果皮或種皮，以觀察內部特征。
來源中規定完整藥材和產地加工片(段、塊)的，可先描述完整藥材，再描述產地加工片(段、塊)。如只規定產地加工片（段、塊）的可不描述完整藥材。
描寫時對形狀較典型的用“形”，如牛膝呈細長圓柱形等；類似的用“狀”，必要時可用“×形×狀”。如五倍子的肚倍：呈長圓形或紡錘形囊狀。形容詞一般用長、寬、狹，如長圓形，寬卵形，狹披針形等。
2．大小  是指藥材的長短、粗細（直徑）和厚薄。一般應測量較多的樣品，可允許有少量高于或低于規定的數值。測量時可用毫米刻度尺。對細小的種子，可放在有毫米方格線的紙上，每10粒種子緊密排成一行，測量后求其平均值。
描述時一般寫為“××～××cm”，不足1cm的用“mm”。葉及花類藥材一般用長、寬表示；根、根莖、莖、果實類藥材一般用長、直徑；鱗莖一般用高、直徑；種子類一般用長、寬或長、直徑。
3．顏色  各種藥材顏色是不相同的，色澤變化與藥材質量有關，如黃芩主要含黃芩甙、漢黃芩甙等，如保管或加工不當，黃芩甙在黃芩酶作用下水解成葡萄糖醛酸與黃芩素，黃芩素具有三個鄰位酚羥基，易氧化成醌類而顯綠色，黃芩變綠后質量降低。又如黃連以斷面紅黃色者為佳。這些均說明藥材的色澤是衡量藥材質量好壞的重要因素。
一般應在日光燈下觀察，色澤的描述包括下述的表面和斷面色澤的內容。描寫色澤時應注意藥材顏色往往不是單一的，而是復合的，或有的略有不同，因此可寫為“××色或××色”；“××色至××色”。一般把質量好的色澤放在前面，二種色調組合描寫的應以后一種色為主，如黃棕色即以棕色為主，色澤描述避免用各地理解不同的術語，如“青色”、“土黃色”，“粉白色”等。
4．表面特征  是指藥材的表面是光滑還是粗糙，有無皺紋、皮孔或毛茸等。如黨參“根頭下有致密的環狀橫紋，向下漸稀疏，有的達全長的一半。”骨碎補“表面密被深棕色至暗棕色的小鱗片，柔軟如毛，經火燎者呈棕褐色或暗褐色，兩側及上表面均具凸起或凹下的圓形葉痕，少數有葉柄殘基及須根殘留”。觀察表面特征時，樣品一般不作預處理。
5．質地  指藥材的軟硬、堅韌、松脆、。粉性等特征，常用的術語有松泡、粉性、油潤、角質、體重質堅硬、脆、松脆、質韌、質柔軟、體輕質松軟、質硬而柔潤有粘性、肉質、富糖性等。
6．折斷面  指藥材折斷時的現象和狀態，如易折斷或不易折斷，折斷時有無粉塵飛揚及斷面特征是否平坦或顯纖維性、顆粒性，裂片狀，層層剝離，粗糙疏松，角質樣，膠質樣，富粉性、油潤性，光澤等。根及根莖類或莖類還可觀察其皮部與木部構比例，纖維束的排列形狀，射線的分布、油室等，如牛膝斷面平坦，黃棕色，微呈角質樣而油潤，中心維管束木部較大，黃白色，其外圍散有多數點狀的維管束，排列成2～4輪，又如華山參：質硬，斷面類白色或黃白色，皮部狹窄，木部寬廣，可見細密的放射性紋理，延胡索：質硬而脆，斷面黃色角質樣，有蠟樣光澤；蒼術：質堅實，斷面黃白色或灰白色，散有多數橙黃色或棕紅色油室，暴露稍久，可析出白色細針狀結晶。如不易折斷可用切斷或破碎后觀察斷面特征和斷面的顏色；如折斷面不易觀察到紋理，可削平后進行觀察。
7．氣  有些藥材有特殊的香氣或臭氣。主要是含揮發油之故。檢查氣味時，可直接嗅聞，氣不明顯的藥材，可采用切碎后手搓揉或熱水浸泡一下，有的可點燃后聞，如沉香。
8．味  藥材性狀所指的味是鑒別藥材時口嘗的實際滋味。它與四氣五味的味不能等同。藥材的味與其含有的成分有關，也是衡量質量的一個方面，檢查味感時，可取少量直接口嘗，或加開水浸泡后嘗浸出液，嘗味時應注意：由于舌尖部只對甜味敏感，近舌根部對苦味敏感，所以嘗味時要取少量在口里咀嚼約1分鐘，是舌頭的各部分都接觸到藥液，同時要注意取樣的代表性，因為藥材的各部分味感可能不同。有強烈的刺激性和毒性的藥材，如需嘗味時，應注意防止中毒。
9．水試  有些藥材在水中或遇水能產生特殊的現象，可作為鑒別特征之一。如西紅花、秦皮、葶藶子、熊膽等，這些特殊現象常與藥材中所含的化學成分或組織構造有關。
10．火試  有些藥材用火燒之，能產生特殊的氣味、顏色、煙霧、閃光和響聲等現象，可作為鑒別特征之一。如降香、麝香、海金砂等。

三、顯微鑒定
（一）中藥材的顯微鑒定
顯微鑒定是利用顯微鏡來觀察藥材的組織構造、細胞形狀、內含物的特征，以及顯微化學反應用以鑒別藥材的真偽與純度以及中成藥的顯微鑒定。顯微鑒定時可根據檢品的情況（完整藥材、破碎藥材、粉末等）制作相應的制片，進行顯微觀察。
1．完整藥材的顯微鑒定
2．破碎藥材的顯微鑒定
3．粉末藥材的顯微鑒定
（二）中成藥的顯微鑒定
（三）電鏡
電子顯微鏡（簡稱電鏡）是以電子束為光源，利用電磁透鏡成像，并與一定的機械裝置和高真空技術相結合，所構成的現代化、綜合性精密電子光學儀器。掃描電鏡是其中的一個基本類型。掃描電鏡的分辨率較高，一般為1～6nm，放大倍數一般在15～40萬倍之間。掃描電鏡廣泛應用于生物樣品表面及其斷面立體形貌的觀察，樣品的制備方法較為簡單，如已經充分干燥過的植物樣品，可用無水乙醇或丙酮清潔后，鍍金膜，直接觀察。掃描電鏡在中藥鑒定中已被廣泛應用，如對花粉粒的觀察。
四、理化鑒定
理化鑒定是利用某些物理的、化學的或儀器分析方法，分析藥材中所含的有效成分或主要化學成分的有無和含量的多少，鑒定藥材的真實性、純度和品質優劣程度。主要的理化鑒定方法有：
1．物理常數的測定  包括比重、旋光度、折光率、硬度、粘稠度、沸點、凝固點、熔點等的測定。這對揮發油類、油脂類、樹脂類、液體類藥（如蜂蜜等）和加工品類（如阿膠等）藥材的真實性和純度的鑒定，具有特別重要的意義。
2．膨脹度的測定  藥材中含有粘液質、果膠、樹膠等成分，有吸水膨脹的性質，其吸水膨脹的程度和其所含的粘液等成正比關系。膨脹度為每1g藥品在水或其他規定的溶劑中，在一定的時間和溫度條件下膨脹后，所占有的體積毫升數。如北葶藶子不得低于12，南葶藶子不得低于3。
3．色度檢查  在貯藏過程中易變色、走油的藥材，利用比色鑒別法，檢查藥材在貯藏過程中有色雜質的限量，了解和控制其走油變質的程度。
4．泡沫指數和溶血指數的測定  利用皂素的水溶液振搖后能產生持久性的泡沫和溶解紅血球的性質，可測定含皂素類成分藥材的泡沫指數或溶血指數作為質量指標。
5．微量升華  是利用中藥中所含的某些化學成分，在一定溫度下能升華的性質，獲得升華物，在顯微鏡下觀察結晶形狀、色澤，或取升華物加試液觀察反應。
6．熒光分析  是利用中藥中所含的某些化學成分，在紫外光或常光下能產生一定顏色的熒光的性質進行鑒別，將藥材（包括斷面、浸出物等）或經酸、堿處理后，置紫外光燈下觀察所產生的熒光，紫外光燈的波長一般為254nm和365nm。
7．顯微化學分析  是將藥材的切片、粉末或浸出物等置于載玻片上，加某些化學試劑后產生沉淀或結晶，在顯微鏡下觀察其形狀和顏色。
8．蛋白電泳法  中藥材中含有蛋白質、氨基酸的種類很多，特別是動物藥類和果實種子藥類，用聚丙烯酰胺凝膠蛋白電泳法，操作簡便，重現性好，結果穩定可靠。
9．化學定性分析  利用藥材中的化學成分能與某些試劑產生特殊的顏色反應或沉淀反應來檢識。一般在試管中進行，亦有直接在藥材切片或粉末上觀察以了解該成分所存在的部位。
10．化學定量分析
11．水分測定  中藥中含有過量的水分，不僅易霉爛變質，使有效成分分解，且相對地減少了實際用量而不能達到治療目的。因此，控制中藥中水分的含量對保證中藥質量有密切關系。
 測定中藥中水分的方法，《中國藥典》1995年版規定有三種。烘干法、甲苯法和減壓干燥法。供試品一般先經破碎成直徑不超過3mm的顆粒或碎片，直徑和長度在3mm以下的花類、種子和果實類藥材，可不破碎。減壓干燥法需先經2號篩。
（1）烘干法適用于不含或少含揮發性成分的藥品。置供試品2～5g在恒重的扇形稱瓶中，干燥溫度為100～105℃，干燥5h，冷卻30min，再干燥1h，稱重差異不超過5mg。
（2）甲苯法適用于含揮發性成分的藥品。
（3）減壓干燥法適用于含有揮發性成分的貴重藥品。干燥劑為新鮮五氧化二磷。放于減壓干燥器中，減壓至2.67kPa（20rnnHg）以下持續30min，室溫放置24h，當內外壓一致后，稱重。
目前有用紅外線干燥器測定水分，儀器上裝有稱量指示，可直接讀出干燥失重數量，方法較簡便，但有一定誤差。又有報道利用無水乙醇吸收藥材中的水分，以甲醇作內標劑進行氣相色譜分析測定藥材中水分的方法，具有迅速、靈敏度高的優點。
12．灰分測定  中藥中的灰分，包括中藥本身經過灰化后遺留的不揮發性無機鹽類，以及中藥表面附著的不揮發性無機鹽類，即總灰分。各種中藥在無外來摻雜物時，總灰分應在一定范圍以內，故所測灰分數值高于正常范圍時，表示有可能在加工或運輸儲存等環節中有其他無機物污染或摻雜。中藥中最常見的無機物質為泥土、砂石等，測定灰分的目的是限制藥材中的泥沙等雜質。它對保證中藥的純度具有重要意義。有些中藥的總灰分本身差異較大，特別是組織中含草酸鈣較多的中藥，如大黃，測其酸 不溶性灰分，即加10%鹽酸處理，得到不溶于10%鹽酸的灰分。這就使總灰分中的鈣鹽等溶去，而泥土、砂石等主要是硅酸鹽因不溶解而殘留。這樣就能較精確地反應中藥的質量。測定方法除酸不溶性灰分外，亦可測定硫酸化灰分，即樣品在熾灼前加一定濃度的硫酸適量處理，然后升溫至600C灼燒灰化。
13．浸出物測定  浸出物測定是選用水、乙醇或其他試劑對藥材中可溶性物質進行測定。有冷浸法和熱浸法。取樣量稱定后，精密加水或其他溶劑，浸后濾過，濾器應干燥。精密量取濾液蒸干后，于105℃干燥3h，置干燥器內冷后，迅速精密稱定重量，計算之。
14．揮發油含量測定  根據各藥材的具體要求進行。
15．色譜法  色譜法又稱層析法，可根據分離方法分為：紙色譜法。薄層色譜法、柱色譜法、氣相色譜法、高效液相色譜法、蛋白電泳等。
（1）薄層色譜法  薄層色譜法系將適宜的吸附劑或載體涂布于玻璃板、塑料或鋁基片上，形成均勻薄層。待點樣、展開后，與適宜的對照物按同法在同板上所得的色譜圖對比，并可用薄層掃描儀進行掃描，用以進行藥品的鑒別、雜質檢查或含量測定的方法。
（2）高效液相色譜法  用高壓輸液泵將具有不同極性的單一溶劑或不同比例的混合溶劑、緩沖液等流動相泵入裝有固定相的色譜柱，經進樣閥注入供試品，由流動相帶入柱內，在柱內各成分被分離后，依次進入檢測器，色譜信號由記錄儀或積分儀記錄。用以進行藥品的鑒別、雜質檢查或含量測定。
（3）氣相色譜法  氣相色譜法的流動相為氣體，稱為載氣，注人進樣口的供試品被加熱氣化，并被載氣帶入色譜柱，在柱內各成分被分離后，先后進入檢測器，色譜信號用記錄儀或數據處理器記錄。用以進行藥品的鑒別、雜質檢查或含量測定。
（4）紙色譜法  系以紙為載體，以紙上所含水分或其他物質為固定相，用展開劑進行展開的分配色譜。
16．分光光度法  分光光度法是通過測定被測物質在特定波長處或一定波長范圍內光的吸收度，對該物質進行定性和定量的方法。分光光度法包括紫外分光光度法、紅外分光光度法、原子吸收分光光度法及比色法。紫外與紅外分光光度法常用的波長范圍為：紫外光區為200～400nrn；可見光區為400～700nrn；紅外光區為2.5～25μm（按波數計為4000～400cm-1）。
17． 色譜光譜聯儀分析法  氣相色譜—質譜分析，加上計算機聯用，可充分發揮氣相色譜的高分離效能和質譜的高鑒別能力的特點，已得到廣泛的應用，如辛夷、細辛、牡荊葉等揮發性成分的分析，一般都能分析出10多種至數十種單一成分和其含量。對9種辛夷的揮發油成分分析，共鑒定出69種化合物，分別測出了它們的百分含量。這為中藥材的品質評價，提供了重要依據。
18．有害物質的檢查  近年來，中藥質量分析的內容不斷擴大，對中藥中無機成分和有害、有毒成分的分析已引起重視。藥物的有效和有害物質兩者是同樣重要的。中藥中如果被污染了有害物質，如農藥、霉菌和霉菌毒素及重金屬等就會影響人民健康。現就毒性成分的檢測分述如下：
（1）有機氯農藥殘留量的檢測  農藥的種類很多其中有機氯類農藥中二二三（DDT）和六六六（BHC）是使用最久、數量最大的農藥。由于它們用后在土壤或生物體中長期殘留和蓄積而危害人體，故各國非常重視食品和藥物中殘留量的檢測和限量問題。中藥中有機氯類農藥殘留量的分析，一般用裝有電子捕獲器的氣相色譜儀，以環氧七氯作內標劑進行氣相分析測定。但由于分析用色譜儀及分析方法在一般基層尚無條件進行，故薄層半微量定量法，也可在基層推廣作為藥材中農藥殘留量的檢測方法。
（2） 有機磷農藥殘留量的檢測  利用某些有機磷農藥，如敵百蟲等對膽堿脂酶具抑制作用，且酶的基質（β-醋酸萘酯）水解產物能與特定顯示劑（固藍β-鹽）結合呈紫色反應原理，在已有農藥的薄層板上，其農藥斑點部位因酶的活性被抑制，基質不被水解，不引起呈色反應，在紫色薄層板上襯出無色斑點，根據斑點大小，經掃描檢測出農藥的殘留量。此法稱薄層-酶抑制法。
（3）黃曲霉毒素的檢查 世界各國對食品和藥品中黃曲霉毒素的限量作了嚴格的規定。有關檢測的方法主要是根據黃曲霉毒素中毒性最大的成分黃曲霉毒素B1B2和G1、G2的理化性質設計的，即它們能溶于氯仿、甲醇而不溶于己烷、乙醇和石油醚，在紫外光下（365nm）分別呈藍色和黃綠色熒光，通過薄層色譜用黃曲霉毒素標準品對照，并根據斑點大小目測半定量。
（4） 重金屬的檢查 重金屬是指在實驗條件下能與硫代乙酰胺或硫化鈉作用顯色的金屬雜質，如鉛。藥典中收載重金屬、砷鹽限量及其他金屬鹽檢查的中藥主要是礦物藥類，如石膏含重金屬不得過百萬分之十，含砷鹽不得過百萬分之二，少數揮發油，如薄荷油含重金屬不得過百萬分之十，個別加工品，如阿膠含重金屬不得過百萬分之三十，含砷鹽不得過百萬分之三等。