一、性狀鑒別
根類中藥包括藥用為根或以根為主帶有部分根莖的藥材。就根部而言，沒有節、節間和葉，一般無芽。
根的形狀，通常為圓柱形或長圓錐形，有的肥大為塊根，呈圓錐形或紡錘形等。雙子葉植物根一般主根明顯，常有分枝；少數根部細長，集生于根莖上，如威靈仙、龍膽等。根的表面常有紋理，有的可見皮孔；有的頂端帶有根莖或莖基，根莖俗稱“蘆頭”，上有莖痕，如人參等。根的質地和斷面特征，常因品種而異，有的質重堅實，有的體輕松泡；折斷時或有粉塵散落（淀粉粒），或呈纖維性、角質狀等。
觀察根的橫斷面，首先應注意區分雙子葉植物根和單子葉植物根。一般說來，雙子葉植物根有一圈形成層的環紋，環內的木質部范圍較環外的皮部大，中央無髓部，自中心向外有放射狀的射線紋理，木部尤為明顯，外表常有栓皮。單子葉植物根有一圈內皮層的環紋；中柱一般較皮部為小，中央有髓部，自中心向外無放射狀紋理，外表無木柱層，有的具較薄的檢化組織。其次，應注意根的斷面組織中有無分泌物散布，如傘形科植物當歸、白芷等含有黃棕色油點。
二、顯微鑒別
根的橫切面在顯微鏡下觀察組織構造，可區分雙子葉植物和單子葉植物根。
1．雙子葉植物根  一般均具次生構造。最外層大多為周皮，由木栓層、木柱形成層及栓內層組成。木栓形成層通常發生于中柱外方部位，形成周皮后原有的表皮及皮層細胞均已死亡脫落；栓內層通常為數列細胞，有的比較發達，又名次生皮層。少數根類中藥的次生構造不發達，無周皮而有表皮，如龍膽；或表皮死亡脫落由微木柱化的外皮層細胞行保護作用，稱為后生表皮，如細辛；或由皮層的外部細胞木栓化起保護作用，稱為后生皮層，如川烏。這些根的內皮層均較明顯。
雙子葉植物維管束一般為無限外韌型，由初生韌皮部、次生韌皮部、形成層、次生木質部和初生木質部組成。初生韌皮部細胞大多頹廢；形成層連續成環，或束間形成層不明顯；次生木質部占根的大部分，由導管、管胞、木薄壁細胞或木纖維組成，射線較明顯；初生木質部位于中央，其原生木質部束呈星角狀，星角的數目隨科屬種類而不同，有鑒定參考意義，如懷牛膝為二個角，屬二原型。雙子葉植物根一般無髓；少數次生構造不發達的根初生木質部未分化到中心，中央為薄壁組織區域，形成明顯的髓部，如龍膽等。
2．單子葉植物  根一般均具初生構造。最外層通常為一列表皮細胞，無木栓層，有的細胞分化為根毛，細胞外壁一般無角質層。少數根的表皮細胞進行切線分裂為多層細胞，形成根被，如百部、麥冬等。皮層寬厚，占根的大部分，內皮層及其凱氏點通常明顯。
中柱與皮層的界限分明，直徑較小。維管束為輻射型，韌皮部與木質部相間排列，呈輻射狀，無形成層。髓部通常明顯。
根類中藥的橫切面顯微鑒別，首先應根據維管束的類型、有無形成層等，區分為雙子葉或單子葉植物根。其次根中常有分泌組織存在，如桔梗、黨參等有乳管；人參、三七等有樹脂道；當歸、木香等有油室。草酸鈣結晶也有可能看到，如人參有簇晶，甘草有方晶，懷牛膝有砂晶，麥冬有針晶。有的根含有多量淀粉粒，如葛根（甘葛藤）；有的根含有菊糖，不含淀粉粒，如桔梗。厚壁組織的有無也應注意，通常根類中藥可以見到韌皮纖維或木纖維，石細胞比較少見。